Nacido como Friedrich Stowasser en 1928, este pintor vienés fue un rabioso opositor al Estilo Internacional, que caracterizó las unidades de vivienda construidas en Austria de la postguerra, ya que las consideraba faltas de humanidad, forzando a los seres humanos a vivir en cajas de zapatos. Fue además un temprano promotor de la defensa de la ecología, llegando a protestar desnudo contra las armas nucleares. Proponía el extenso uso de vegetación en las viviendas, para así devolver a la naturaleza parte del terreno utilizado en una edificación. Más que ser ambientalmente eficiente, la obra de Hunterwasser buscaba ser provocadoramente llamativa y dar un mensaje ambientalista efectista que cualquier persona pudiera entender. Esta protesta y su ideal de volver a la naturaleza fue plasmada en todas sus obras, pero fundamentalmente en su estilo de vida. No aceptó pago por su trabajo en la Hudertwasserhaus, y cuando murió en Nueva Zelandia fue sepultado, de acuerdo a su deseo, envuelto sólo con un lienzo. Sobre su tumba se plantó un árbol como símbolo de que su vida continúa.
En 1977 el alcalde de la ciudad Leopold Gratz ofreció a Hundertwasser un predio en la ciudad donde pudiera llevar a cabo sus ideas con libertad, apostando por el arte en el momento de construir éstas viviendas sociales. El alcalde contrató a los arquitectos profesionales Peter Pelikan y Josef Krawina para que desarrollaran el proyecto básico de arquitectura.
Con el primer diseño de Krawina, Hundertwasser quedo horrorizado ante la fría geometría arquitectónica propuesta, lo que provoco la separación de ambos. A finales de 1981, Hundertwasser finalmente encontró a su aliado de arquitectura, Pedro Pelikan, quien se unió al proyecto y rápidamente ayudo a Hundertwasser a convertir su visión original a la realidad, en lugar de tratar de imponer una nueva idea sobre el artista.
El día de la inauguración de la apertura oficial de la casa se celebro a lo largo de dos días en Septiembre de 1985 para dar cabida a las 70.000 personas que querían verla. Los inquilinos se mudaron el 01 de marzo 1986, y muchos de ellos todavía son residentes.
En septiembre de 2005, la Hundertwasserhaus celebró su 20 º aniversario de proporcionar un espacio único para el pueblo de Viena. Se sigue destacando como uno de los monumentos arquitectónicos más vibrantes del siglo 20, en honor tanto al mundo natural como a los rebeldes de la arquitectura.
La Casa Hundertwasser es hoy uno de los puntos de referencia de Viena, uno de los lugares más famosos y el tercer sitio más visitado en Austria.